Одна из частых проблем у ISPmanager, это автоматически выставляемые права на файлы 600 и на папки 700 соответственно.
Решение довольно простое.
У меня FTP работает как
vsftpd, поэтому идем в его конфиг на сервере
/etc/vsftpd.conf
находим ( у меня это 33 строчка
#local_umask=022
и заменяем ее на
local_umask=022
Все, теперь при заливке через фтп, права на файлы буду 644, а на папки 755.